Во втором сезоне команду пополнинили нескольких новых мутантов, в том числе Зверь. В течение сезона было показано, что злодеи, которые по общему мнению погибли на Астероиде М оказались живы. Саблезуб продолжал преследование Росомахи, а Магнето принялся разрабатывать новый план. Мистик, корчащая из себя Ристи, ученицу школы Бейвиль, втерелась в доверие к Роуг и пробралась в особняк, где украла файлы из Церебро. Используя файлы она вернула Ванду Максимофф, Алую Ведьму, дочь Красного Эрика и сестру–двойняшку Пьетро. Будучи психически нестабильной она присоединилась к Братству при возвращении Мистик, позволяя им победить Людей Икс в сражении на аллее в Бейвиле. Перед финалом, центральный эпизод показал телепата Месмеро, который открыл одну из трех дверей, за которыми находится мутант, известный как Апокалипсис.

В финале сезона, Ксавье строго приказал Людям Икс бороться с Магнето и присоединил к ним Братство. Циклоп, взбешенный необходимостью работать с его прежними противниками, оставил команду. Особняк был позже активирован для самоликвидации с Циклопом и несколькими студентами внутри. Магнето, тем временем, завербовал Саблезуба, Гамбита, Пиро, и Колосса как своих Помощников (Аколитов), чтобы бороться с командой Люди Икс/Братство. В то же время, Росомаха была захвачен Боливаром Траском для использования в виде испытательного образца для анти–мутантского оружия — Часового. Робот был выпущен в город, вынудив Людей Икс использовать свою силу на людях. Ванда выследила Магнето и попытался убить его с помощью Часового. Когда мутанты, которые не были захвачены Траском вернулись к остаткам особняка, Циклоп и студенты появились невредимыми от взрыва. Скотт сбросил Ксавье с его инвалидного кресла и обвинил в уничтожении особняка. Ксавье спокойно встал, и превратился в Мистик.