Заключительный сезон содержит только девять эпизодов. В начале сезона Апокалипсис убил Магнето, в то время как Шельма убила Мистик, сбросив ее, в виде статуи, с утеса. Братство стало временными благодетелями человечества. Девочка–подросток, клон Росомахи, известный нам под именем X–23, вернулась. Спайк и Морлоки вышли на поверхность, Роуг была похищена Гамбитом и взята в Луизиану, чтобы помочь освободить его отца. Ксавье неудачно попытался помочь своему сыну. В финале, Апокалипсис победил Ксавье и Шторм, преобразовав их вместе с Магнето и мистик в своих Четырех Всадников. Апокалипсис приказал Всадникам защитить четыре купола, которые превратили бы население целого мира в мутантов. В заключительном сражении, Всадники были возвращены к нормальному состоянию и Апокалипсису был побежден на время. Шельма и Попрыгун отказались от оправданий их матери, Китти и Лэнс вновь обрели любовь, Магнето воссоединился с Ртутью и Алой Ведьмой, как и Шторм со своим племянником Спайком, и Ксавье видел его аколитов в роли Людей Икс.